Boltenhagen wurde als Longa Indago 1325 erstmals urkundlich erwähnt. Seit 1336 tauchte dann der Ort als "Boltenhagen" auf und war lange Zeit ein unbedeutendes Fischerdorf. Die Besitzrechte wechselten mehrmals zwischen Rittern, Fürsten und der Kirche, wobei es sich oftmals um die Gerichtsbarkeit und um Steuerfragen handelte. Als ein Graf von Bothmer bei Redewisch 1803 einen Badekarren aufstellte, ließ gleich darauf der Kegel-Westphal von Hufe V einen Badekarren zum Strand bringen. Das war der Anfang des Badebetriebes und es entstand der Anspruch, das zweitälteste Seebad Mecklenburgs zu sein. Die Entwicklung schritt voran und 1840 gab es etwa 10 Karren und um 1900 standen bereits 50 Badekarren am Strand.
Schon ab 1810 begannen einige Bauern, ihre gute Stube an Fremde zu überlassen, während sie selbst in den Wirtschaftsgebäuden schliefen. Johann Joachim Hartwig Meyer, der spätere Pastor in Wismar, kam im Sommer 1830 zum ersten Mal in den Ort.. Er blieb dem Ort treu und kam danach noch 50 Sommer. Er trug entscheidend zur Bekanntheit Boltenhagens als Badeort bei. Eine erste Fremdenverkehrsliste verzeichnete 1834 bereits 200 Gäste am Tag und 1838 errichtete Tischler Reese das erste Logierhaus. 1852 verzeichnete man im Ort bereits 642 Gäste. Auch Fritz Reuter besuchte von 1855 bis in die 1860er Jahre den Badeort regelmäßig. 1861 gründete Pastor Meyer einen Verschönerungsverein, der dafür sorgte, dass die Promenade ausgebaut und Parks angelegt wurden. Leider wurde durch die Sturmflut vom 12. zum 13. November 1872 fast alles wieder zerstört. 1880 erschienen die ersten Dampfer vor Boltenhagen, 1882 gab es die ersten Strandkörbe und 1911 wurde die 300 Meter lange Anlegerbrücke gebaut.
Offizielles Ostseebad wurde Boltenhagen am 5. Juli 1929, aber im Zweiten Weltkrieg brach der Badeverkehr völlig zusammen. Während 1947/48 das erste FDGB-Ferienheim an der Ostseeküste eröffnet wurde, wurden wie in vielen anderen Ostseebädern auch viele Hotel- und Pensionsbesitzer durch die 1953 durchgeführte Aktion Rose enteignet. Nachdem Boltenhagen am 8. Juli 1976 den Titel staatlich anerkannter Erholungsort erhielt, entstanden nach 1990 Tausende Gästebetten in Hotels Boltenhagen, Pensionen und Ferienhäusern. Zahlreiche Restaurants und Cafés eröffneten, die neue 290 m lange Seebrücke wurde 1992 fertiggestellt und die historische Bäderarchitektur wurde restauriert. Am 20. März 1998 erhielt Boltenhagen den Titel staatlich anerkanntes Seeheilbad. Heute haben etwa 2.500 Einwohner im Ort ihr Zuhause, während bis zu 30.000 Menschen saisonal beherbergt werden.